根据 fhs 约定来如此安排的
好处是从某种角度的方便
头文件在 /usr/include
可执行文件在 /bin, /sbin, /usr/bin, /usr/sbin
动态链接库在 /lib, /usr/lib
可以免得安装一个库之后，其他依赖这个库的软件发生“找不到 libxxx.so”错误，还需要手动配置各种环境变量啥的

坏处就是像你说的，一个软件包安装之后就变成“散装”的了，各个文件散布在不同地方，包管理器需要记录每个软件包和它的文件的对应关系才能工作

至于你的想法“直接在一个固定的目录下面不行吗？”
当然行啊，只不过不符合一直以来比较主流的约定罢了
比如 NixOS 这个发行版，就可以认为是把每个软件都安装在 /nix/store 路径下面一个“固定的目录”里面（当然实际情况要比这复杂得多）