Unix 系作为服务器，对于管理员来说，主要优势在于：

能够很轻易自动化一切。Windows 虽然也有脚本编辑器，但总归有些工作无法完全脚本化。突出的例子是配置管理。很多配置管理工具如 Ansible 一类的，实际上就是从脚本发展起来的。基于这个特性和第二优势，用 Unix 类系统可以做到超大型服务集群自动缩扩的统一管理，用 Windows 就做不到。
第二优势在于超可定制，包括内核。基于这个特性，可对服务器进行超级优化，甚至定制硬件。对于超大规模服务，这就是成本优势。
还有个优势是由于松耦合特性，可以有很长的 uptime，Windows 跑单一服务可以，多服务的话会碰到紧耦合的天花板。

以上优势都是在运行超万台物理服务器（以上所说的超大型服务集群）基础上谈的。单一个 StackOverflow 就不用拿来比了。