没错，是根据实际里程计算的。

http://www.12306.cn/mormhweb/kygfwj/flgz/201209/t20120905_1209.html
　　第十四条　旅客票价是以每人每千米的票价率为基础，按照旅客旅行的距离和不同的列车设备条件，采取递远递减的办法确定。具体票价以国务院铁路主管部门公布的票价表为准。


感觉楼主是坐惯了地铁，习惯了按最短站距计算吧。

然而国铁和地铁并不一样，地铁大部分是短途通勤，时间敏感度高，所以只能选择最简单的 “一进一出” ，只统计进闸出闸，自然也就无法统计你经过了哪些站点，只能按最短站距来计算，毕竟还是希望大家都走公共交通的。

如果排除掉上海地铁的 “虚拟换乘” ，即使是连续乘坐地铁，只要中间出站了，也不是按照最短站距计算的。

说白了，地铁按照最短站距来计算，纯粹是因为没能力追踪你到底去了哪些站。（“虚拟换乘” 的本意是给 “正当换乘” 的乘客用的）。